单体结构不同，分子晶体一般是有物质分子构成，而共价晶体一般有单个原子构成。
晶体内作用力不同，分子晶体一般是通过分子间范德华力作用形成，而共价晶体一般通过原子共价键作用形成。
物理性质不同，分子晶体一般硬度、熔点较低，而共价晶体一般硬度、熔点很高。比如白糖属于分子晶体，而钻石属于原子晶体，二者硬度、熔点差别很大。
存在形式有差异，分子晶体一般有固、液、气三种存在形式，而共价晶体一般只有固体存在形式。
分子晶体
概念：只含分子的晶体。
物理性质：分子晶体熔、沸点较低、硬度较小。
分子晶体性质
分子晶体是由分子组成，可以是极性分子，也可以是非极性分子。
分子间的作用力很弱，分子晶体具有较低的熔点、沸点，硬度小、易挥发，许多物质在常温下呈气态或液态。例如O2、CO2是气体，乙醇、冰醋酸是液体。同类型分子的晶体，其熔、沸点随分子量的增加而升高。
晶体结构模型——冰
共价晶体
结构特点：构成微粒及微粒间的作用力
物理性质：共价晶体一般熔点高、硬度大。
结构相似的共价晶体，原子半径越小，键长越短，键能越大，晶体的熔点越高。
晶体结构模型——金刚石
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