宝石矿物中的包裹体种类及特征因其生成时的环境而异。一般情况下，不同成因类型的宝石矿物，其包裹体中的子矿物组合及其成分不同。
同一成因类型的同类宝石中的矿物包裹体特征及子矿物组合有一定共性。因此，我们可以用包裹体特征来鉴别一些宝石。如鉴定无色透明宝石时，除用其他方法外，可观察其中的包裹体特征，如宝石中含有镁铝榴石、橄榄石等矿物包裹体，那它绝不会是水晶、萤石类的宝石，而极可能是金刚石，这是因为橄榄石不可能与石英共生；若其中含有金红石、云母类矿物包裹体，那它绝不会是金刚石，而可能是刚玉。
另外，同一类型的宝石，因产地不同其中的矿物包裹体成分也有一定差异。如南非奥拉帕金伯利岩中金刚石的包裹体中主要矿物为石榴石、单斜辉石的组合产于罗伯茨维克特金伯利岩中的金刚石包裹体中主要矿物为斜方辉石、橄榄石、铬尖晶石的组合。在一个地区，由于特定的地质条件下形成的某种宝石矿物常具特征的矿物包裹体。如产于哥伦比亚木佐矿山的祖母绿，其所含包裹体以方解石、菱铁矿及罕见的碳钙铈矿包裹体为特征。
因此，用这些带有指示产地意义的特征包裹体常可用来鉴别和推测宝石矿物的产地及种类。
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